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高通量测序 锁定病原体“命门”(2)

  随后,科研团队用已确定的病毒特征为“钓饵”,在广东地区近几年收集的蝙蝠标本中,寻找是否有蝙蝠携带关联病毒。在几百个样本中,团队获得了58份结果为阳性的样本,大部分来自中华菊头蝠(注:科学家们此前证实SARS病毒正是来源于中华菊头蝠)。团队进行了病毒传播路线图的绘制,发现发病的4个猪场并没有相互传染,很有可能是通过蝙蝠的粪便传播。

  “我们对猪场的饲养员进行了病原体检测,没有发现人员感染。”童贻刚说,但是对于病毒组学的研究表明,该类病毒是有能力感染人类的。病毒对人体的作用,以及激发人体内的免疫反应和对病毒表达的调控,仍是一个严峻课题,有待探索。

  初入临床 颠覆对罕见菌致病性认识

  除了在威胁全球的重大传染病疫情的防控中发挥重要作用,二代测序技术在日常临床中的应用将有助于“认新”“控药”“测毒”等,即诊断新型病原体、确定病毒的抗药性以防止抗生素滥用、测定不同流行病的源头等。

  “近一年仅我们团队在诊断病历中就发现8例诺卡氏菌病例。而在教科书中,这类菌被描述为罕见菌。”复旦大学附属中山医院感染病科主任胡必杰教授说,过往资料表明,人类对这种菌的致病性认识非常有限。

  胡必杰认为,现实与教科书中的反差是由于此前的手段难以帮助医生诊断出这种致病菌。“它非常细小,在同样的培养条件下,很难被分离出来,而且需要7天才会培养到可见。普通培养一般3天。”胡必杰说,菌体的“个性”使得凭经验在病例中发现它相对困难。

  二代测序技术让它们重新回到医生的诊断“视野”。胡必杰表示,通过对宏基因组进行测序,可无差别地检测各种病原体,突破了传统检测手段的限制,大大提高了病原学检出的敏感性,这种之前难以被检出的病原体也“露了馅”。24小时内诊断也能为急性感染的判断和对症迅速给出参考。

  由于设备要求高、技术门槛高、平台构建需要大量资金投入,目前在临床应用领域,二代测序只是“初入”,只有条件好、资金充足的少量三甲医院在建相关平台、培养和储备技术人员。此外,不同样本的提取如何才能高效准确、遗传物质的提取质量标准如何,都尚待完善。中国食品药品检定研究院的双盲测试表明,对于同样的已知基因,不同测序公司的结果也并非完全一致。

  中国工程院副院长、中国医学科学院、北京协和医学院院校长王辰院士呼吁:感染性(传染性)疾病危害严重,精准诊断是实现其精准防控的前提。针对感染这一重大医学问题,需要将基因检测与传统检测相结合,加快将最新的生物科技转化成先进生产力,应用于临床感染精准诊疗。(记者 张佳星)

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