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1938年10月25日，《新华日报》出版了重庆版的第一期报纸、即总序列号第287号报纸。而同日在武汉出版的第287号《新华日报》，因毁于战火，至今无法见到其真面目。

1938年9月，中共中央召开了扩大的六届六中全会，批判了王明的右倾机会主义错误，并根据形势需要决定撤销中共中央长江局，设立中共中央南方局。1939年1月，南方局在重庆正式成立，由周恩来任书记。在渝出版的《新华日报》成了中共中央南方局直接领导的政治机关报，周恩来为《新华日报》董事长。《新华日报》在重庆出版期间，先后经历了反对《联合版》的斗争，突破新闻封锁、揭露“皖南事变”真相，以媒体之责配合中共中央打退国民党的三次“反共高潮”，开展“整风运动”等活动，创造了《新华日报》最为辉煌的一段历史。

皖南事变以后，蒋介石集团用各种手段来钳制《新华日报》，查扣稿件、破坏发行，恐吓广告主，派特务盯梢等。《新华日报》为了稳住阵地，坚持出版，渡过了困难时期，其间曾改为一中张（即对开四版的一半）出版。1942年2月1日，《新华日报》恢复对开四版。这期间，为了预防突发事件，中共南方局还决定将《新华日报》的40多名人员转移到别处，以保存实力。撤离的人一部分去了延安，一部分绕道香港经上海转苏北抗日民主根据地，或留在海外。他们中的一部分人员，成为《新华日报》其它地方版的骨干力量。

中共中央北方局机关报《新华日报》（山西沁县）（1939.1.1～1943.9.30）

1938年7月，武汉形势吃紧，中共中央长江局作出了疏散《新华日报》人员的决定，其中杨放之（吴敏）、何云等率领一批人员到西安，计划建立《新华日报》西安分馆，出版《新华日报》西北版。因国民党当局的阻挠，西北版未能出版。何云等正一筹莫展时，经西安赴延安参加中共六届六中全会的朱德总司令了解到这个情况后便发出邀请：不让出，你们就到华北去，华北军民欢迎你们。1939年1月1日，《新华日报》华北版在晋东南沁县正式出版，为中共中央北方局机关报，何云任社长兼总编辑。中共中央北方局组成了由杨尚昆、彭德怀、左权、陆定一、傅钟、李大章、何云、陈克寒等人参加的党报委员会。

《新华日报》华北版是一张铅印的四开四版报纸，为隔日刊。报纸一出版，发行量就达两万份，一年后达5万余份。《新华日报》华北版第一版是社论、要闻；第二版是国内新闻；第三版是国际新闻；第四版是根据地建设等。开辟的主要栏目有:《社论》《要闻》《华北新闻》《敌后方通讯》《华北战况》《战地通讯》《华北捷报》《华中通讯》《华东通讯》《半月军事动态》《领导人文章》等。《新华日报》华北版成为鼓舞和激励人民对日斗争的响亮号角。朱德总司令给予高度评价：“一张《新华日报》顶一颗炮弹，而且《新华日报》天天在作战，向敌人发射出千万炮弹。”

因中共中央战略布局的调整，1943年10月1日，《新华日报》华北版改为《新华日报》太行版。至此，《新华日报》华北版持续出版4年9个月，共编号出版846期报纸。《新华日报》华北版发行范围基本上以晋察冀地区为主，遍及华北各抗日根据地，常年发行量为3万份。

中共太行区委机关报《新华日报》（河南涉县）（1943.10.1～1949.8.19）

由于中共太行分局合并北方局，中共晋冀豫区党委改为中共太行区党委，1943年10月1日，《新华日报》华北版改为太行版，成为太行区党委机关报，社址先后设在涉县的桃城村、七原村、西戌村。改版后，史纪言任社长兼总编辑，安岗、蒋慕岳、周永生任副社长兼副总编辑。

《新华日报》太行版为对开四版，隔日出版。1949年5月1日第1355号，该报刊登了改出日刊的启事：“为适应新的工作需要，本报自五月一日起，改出日刊（每逢星期日无报）。希各地读者注意。”同时该报的报头版式也发生了变化。从左向右排列的“新华日报”的报名，取代了于右任题写的旧报名。时间、期号、登记证号的排列也开始自左向右排列了。

1949年8月5日开始，《新华日报》太行版在右报眼位置刊登启事：“由于区划关系，本报不久即停刊，故九月份报费停收。希各地读者注意。”8月19日，《新华日报》太行版刊登了终刊启事：“本报及新华社太行分社奉命结束，本报于8月20日宣告终刊，今日是与读者晤面的最后一次。本报自1943年10月1日，由新华日报华北版改版以来，在太行区党委直接领导下，又得各领导机关、全体通讯员同志之热忱写稿与帮助以及广大干部群众之关怀爱护，出刊至一千四百四十九期，完成了它所担负的历史任务。当本报终刊之际，特向各领导机关、全体通讯员及广大群众，致以忠诚慰问和敬礼！”